胸腺囊肿的临床症状取决于囊肿的位置，颈部胸腺囊肿多见于10～20岁的患者，常表现为颈部肿块很少，有临床症状除非囊肿的体积发生剧烈变化，如囊内出血纵隔内胸腺囊肿则多为30～60岁。早期也很少出现临床症状，少数纵隔内胸腺囊肿病人可以出现气短咳嗽和胸部疼痛。在体检时通过X线胸片发现90%的患者表现为无痛性包块包块，多位于左颈部(占70%)右侧(占23%)，中线和咽喉部占7%，部分患者因囊肿感染或出血，可触及波动感纵隔内胸腺囊肿少数在心脏手术时才发现。